埼玉県全域における最新のCOVID-19（新型コロナウイルス感染症）のゲノム情報（2024年5月1日）－埼玉県

参照元URL：https://www.pref.saitama.lg.jp/b0714/surveillance/covid-19_genome.html

掲載日：2024年5月1日

埼玉県全域における最新のCOVID-19（新型コロナウイルス感染症）のゲノム情報

新型コロナウイルス感染症の流行の波（第1波～第9波）では、それぞれの波で主流となる流行株は異なっていました。新型コロナウイルス感染症の動向を把握するには、ウイルスのゲノム情報を早期に把握することが重要となります。
埼玉県衛生研究所でおこなったゲノムの解析結果に加え、県内政令市・中核市、民間検査機関、国立感染症研究所が実施したゲノム解析結果を分析し、検出状況を掲載しました。

【現在の状況】

2023年11月中旬から12月にかけて増加が見られたHK.3系統（EG.5系統の子孫系統）などの「L455F」変異を持つXBB系統は、2024年1月末から減少を続けており、2024年3月11日～17日の週以降、ほとんど検出されておりません。2024年1月以降に急増したJN.1系統（BA.2.86系統の子孫系統）も、2月中旬以降減少傾向にあり、3月以降、種々の亜型が新たに出現しており、置き換わりが進んでいます。その結果として、全体としては「微減」傾向が続く状況となっています。

 

COVID-19のゲノム検出状況

特定のアミノ酸変異を有する変異株について

COVID-19のゲノム検出状況

検出ゲノムの系統別推移 (2024年4月25日現在)

新型コロナウイルス感染症発生当初から現在までのゲノム解析結果が得られた陽性者の人数を、系統別に検体採取週別に集計しました。

検出ゲノムの推移（2024年4月25日現在）

サイズ拡大版のグラフ（エクセル：78KB）

県内流行の第1波から第9波まで、いずれも主流となる流行株の亜型は異なっていました。
第8波は第7波と同様のBA.5系統（オミクロン株の子孫系統）が主流ですが、系統の中の亜型は異なっています。

第9波及び2023年11月中旬以降は、第6波と同様のBA.2系統（オミクロン株の子孫系統）が主流ですが、系統の中の亜型は異なっています。

第7波以降の詳細な亜型、系統については次の項目に掲載しています。

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2022年6月以降の変異株（亜型、系統）の推移（2024年4月25日現在）

2022年6月（第7波）以降の埼玉県内のゲノム解析結果を詳細に集計しました。

亜型別検出数の推移（2024年4月25日現在）

サイズ拡大版のグラフ（エクセル：113KB）

第7波（2022年6月～9月）はBA.5.2、BA.5.2.1、BF.5などのBA.5系統の亜型が主流でした。

第8波（2022年10月～2023年3月）の前半の2022年10月～11月は、第7波の主流であったBA.5系統の亜型（BA.5.2、BA.5.2.1、BF.5など）が引き続き多く検出されていましたが、12月以降はBQ.1.1系統、BF.7系統などの新たなBA.5系統の検出数が徐々に増加し、主流となっていました。

第9波（2023年4月～11月）は、2023年4月から5月にかけてBA.2系統の子孫にあたるXBB.1.5系統、XBB.1.9系統、XBB.1.16系統が主流でした。2023年6月以降は、XBB.1.9系統の子孫系統であるEG.5系統の検出数が増加しました。

2023年11月中旬から12月は、HK.3系統（EG.5系統の子孫系統）、HV.1（EG.5系統の子孫系統）、BA.2.86系統（通称：ピロラ）の検出数が増加していました。2024年1月以降、JN.1系統（BA.2.86系統の子孫系統）の検出数が急激に増加ましたが、2月中旬以降は減少しています（BA.2.86系統及びJN.1系統の詳細な説明は次の項目にあります）。

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BA.2.86系統（通称：ピロラ）及びJN.1系統について（2024年4月25日現在）

世界保健機関（WHO）によるリスク評価で判明している、BA.2.86系統に関する主要事項は以下の通りです。

・BA.2.86系統（BA.2.86及びBA.2.86の子孫系統を含む）は、BA.2の子孫系統で、スパイク蛋白質に多数のアミノ酸変異を有していると言われています。

・BA.2.86は、BA.2と比較して34カ所、XBB.1.5と比較して36か所にアミノ酸変異があると言われています。

・WHOによると、BA.2.86について他の亜型と比較して重症化リスクが高いという報告はないとされています。

WHOは、BA.2.86系統（通称：ピロラ）が世界的に増加傾向にあることを踏まえて、2023年11月21日にBA.2.86系統をVOI（variants of interest：注目すべき変異株）に指定しました。

 

さらにWHOは、世界的に、BA.2.86の子孫株であるJN.1（BA.2.86.1.1）の検出割合が急増していることを踏まえ、2023年12月13日にJN.1をVOIに指定しました。

WHOによるリスク評価で判明している、JN.1に関する主要事項は以下の通りです。

・JN.1は、BA.2.86のスパイク蛋白質のアミノ酸にL455S変異が加わった変異株で、WHOによると、他の亜型に比べて免疫逃避性が有意に高い可能性が指摘されています。

・WHOによると、JN.1について他の亜型と比較して重症化リスクが高いという報告はないとされています。

埼玉県内においても、JN.1及びJN.1の子孫株を含めたJN.1系統でL455S変異を有することが確認されています。

 

埼玉県内の、JN.1系統も含めたBA.2.86系統の亜型の検出状況（検体採取週別）を下図に示しました。

 

BA.2.86系統及びJN.1系統の内訳（2024年4月25日現在）

サイズ拡大版のグラフ（エクセル：204KB）

2023年8月下旬から10月上旬はBA.2.86が検出されていました。10月中旬以降はBA.2.86の子孫株であるBA.2.86.1やBA.2.86.3が検出され始めました。

11月下旬からJN.1が検出され始め、さらに2024年1月中旬以降はJN.1.1、JN.1.4、JN.2、JN.1.18、XDQ（BA.2.86.1とFL.15.1.1の組み換え体）、XDQ.1、KP.2（JN.1.11.1.2と同義）、JN.1.11.1などのJN.1の子孫株が多く検出されるようになっており、子孫株の占める割合が2月以降、相対的に増加している状況です。

直近の発生状況は、COVID-19（新型コロナウイルス感染症）の流行情報をご確認ください。
（過去の発生状況は、2023年5月7日以前のCOVID-19（新型コロナウイルス感染症）の流行情報をご確認ください。）

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特定のアミノ酸変異を有する変異株について

R346T、F486P、F456L、L455F、L455S変異を有する変異株の系統別の推移 (2024年4月25日現在)

埼玉県で検出されたCOVID-19の亜型について、期間ごとに、亜型数と特定のアミノ酸変異を有する亜型の割合を集計しました。

埼玉県で検出された期間別のCOVID-19の亜型の数と特定のアミノ酸変異を有する亜型の割合
波・期間 亜型の数 特定の変異の種類（特定の変異を有する亜型の割合）
第7波（2022年6月～9月） 50以上 R346T変異（約4%）
第8波（2022年10月～2023年3月） 160以上 R346T変異（約51%）
第9波（2023年4月～11月） 270以上

R346T変異とF486P変異（約73%）

R346T変異とF486P変異とF456L変異（約14%）
2023年11月下旬以降 100以上

R346T変異とF486P変異とF456L変異とL455F変異（約28%）

F486P変異とL455S変異（JN.1系統、約23%）

特定のアミノ酸変異を有する変異株は、以下のような特徴があると言われています。

お問い合わせ

保健医療部 衛生研究所 感染症疫学情報担当
郵便番号355-0133 埼玉県比企郡吉見町江和井410番地1
電話：0493-59-9325
ファックス：0493-59-9613

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